从古至今,人类对鸟类系统发育关系的了解比其他任何脊椎动物都少,在1861年第一块始祖鸟化石被报道以后,鸟类的起源更是成为生物学家和古生物学家最感兴趣的课题。由于鸟类的化石资料太少,一百多年来,科学家们对于鸟类的起源提出了众多的猜想,然而争议至今仍没有被解决。
鸟类是由恐龙进化而来的。
较一致的看法是鸟类的直接祖先是一种小型恐龙的意见(奥斯特罗姆,1967),认为由假鳄类演化为恐龙中的虚骨龙类,然后再进一步演化为始祖鸟,而演变为新鸟类。
以前认为古鸟亚纲的始祖鸟是侏罗纪发现的鸟类,2004年时被认为是一种恐龙。从已发现的标本可以清楚地看到始祖鸟具有羽毛;后足对趾型;腕掌骨和跗跖骨愈合;骨盘结构、锁骨、喙部、下颌关节方式以及眼等许多特征与鸟类相似。始祖鸟具槽生齿,有具尾椎的长尾;脊椎双凹型;前翅掌指骨游离并具爪;脑、胸骨、肋骨及后肢等特征又与爬行类接近。所以始祖鸟被认为是爬行动物与鸟类之间的中间环节。
鸟类溯源于中生代侏罗纪,在该底层发现的始祖鸟是最著名的原始鸟,其身体特征同时具有鸟类和爬行类共有的特征,例如有牙齿,翅膀上有指爪。有学者提出恐龙是鸟类的祖先;在中国东北新发现的中华龙鸟和孔子鸟被认为是连接恐龙和鸟类的一环,更像是有羽毛的恐龙,比始祖鸟的年代更久远。



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